C'est au 19ème siècle qu'a commencé l'histoire du Centre Psychothérapique de l'Ain.
Le 20 septembre 1826 , la congrégation des Sœurs de Saint Joseph du diocèse de Belley signe avec le Préfet de l'Ain un traité créant l'Hospice Sainte Madeleine, à l'intention des femmes (à l'époque 70 malades).
En octobre 1833 : les religieuses de Saint Joseph prennent également la direction du Dépôt de Mendicité Saint Lazare, administré jusqu'alors par les Frères de St Jean de Dieu : l'asile d'aliénés pour hommes était ainsi créé.
En 1840 : un traité est passé avec le Département de Saône-et-Loire afin que des patients femmes et hommes de ce département puissent être accueillis à Bourg-en-Bresse. Ce partenariat a pris fin le 1er décembre 2005, date du transfert de la gestion du secteur à Mâcon.
En 1855 : acquisition de la propriété du Cuègre par la Congrégation des Soeurs de Saint-Joseph. Après rénovation, ce site devient l'Hôpital Saint-Georges et accueille les malades de Saint-Lazare.
Le 2 Juillet 1972 : la Congrégation des Sœurs de Saint-Joseph confie la responsabilité du Centre Psychothérapique de l'Ain à l'O.R.S.A.C (Association Loi 1901 reconnue d'utilité publique).
Depuis 1971, le Centre Psychothérapique de l’Ain est doté d’un « Institut de Formation en Soins Infirmiers » (IFSI) préparant au diplôme d'Infirmier d'Etat, diplôme unique depuis 1992 (Voir Espace IFSI sur site Web).
Le Centre Psychothérapique de l’Ain est également gestionnaire d’un Centre de Soins d'Accompagnement et de Prévention en Addictologie (CSAPA) sur le département de l’Ain : le Centre Saliba. Il assure l'accompagnement de toute personne qui s'interroge ou se trouve en difficulté avec des consommations ou des conduites addictives (tabac, cannabis, jeux, héroïne, médicaments...). L'équipe du Centre participe également à des actions d'information, de sensibilisation et de prévention.